R ggplot分组箱线图按属聚类并按属内du中位数升序排序实现方法

核心是手动指定x轴变量gen_spe的因子水平，按「属优先级排序→属内物种按du中位数升序排序」的规则定义水平顺序，即可同时满足两个需求。

1. 数据预处理（调整因子水平） #

使用dplyr对原数据做如下处理：

library(dplyr)
library(ggplot2)

df <- df %>%
  # 按属+物种分组，计算每个物种的du中位数
  group_by(gen, spe) %>%
  mutate(med_du = median(du, na.rm = TRUE)) %>%
  ungroup() %>%
  # 先按属排序保证同属物种相邻，再按属内中位数升序排列
  arrange(gen, med_du) %>%
  # 将gen_spe转为因子，水平指定为排序后的唯一值，直接控制x轴顺序
  mutate(gen_spe = factor(gen_spe, levels = unique(gen_spe)))

2. 绘图代码 #

处理后的数据直接套用你原来的绘图逻辑即可，仅需注意修正图例设置的冲突：

ggplot(df, aes(gen_spe, du)) +
  theme_classic(base_size = 10) +
  geom_boxplot(
    aes(color = gen,
        color = after_scale(
          colorspace::desaturate(color, .2)
        )),
    size = 0.75
  ) +
  ggsci::scale_color_npg() + # 移除原guide="none"参数，避免和下方图例设置冲突
  guides(color = "legend")

你当前的效果参考：

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Marine