Cytoscape有向网络图节点分组可视化及节点着色方法咨询

你提供的测试数据构造代码如下：

data <- data.frame(from = letters[1:20], to= LETTERS[1:20],
                   group = rep(c("normal", "middle", "high","veryhigh"),times =c(5,5,5,5)))

边表导入Cytoscape生成初始网络后，按以下步骤操作即可实现需求：

1. 区分from、to两类节点的填充色 #

• 打开右侧面板的Node Table（节点表），点击表格右上角的加号新建字符串类型的属性列，命名为node_type。
• 筛选所有属于原始from列的小写字母节点，批量将其node_type赋值为source；筛选所有属于原始to列的大写字母节点，批量赋值为target。
• 切换到左侧控制面板的**Style（样式）**标签页，找到「Fill Color（填充颜色）」选项，点击右侧的映射按钮，映射列选择node_type，映射类型选「Discrete Mapping（离散映射）」，分别为source、target两类设置不同填充色即可。

2. 按group分类为节点配置显示颜色 #

你原始数据的group值和from列节点一一对应，首先需要先把group属性挂载到对应节点上：

• 回到Node Table，新建字符串类型的属性列，命名为group，按照原始数据的对应关系，给每个from列节点批量填写对应的group值（normal/middle/high/veryhigh），如果to列节点也需要绑定group属性可以按需补充。
• 如果要在同一张图中同时体现两类节点的区分和group分类，推荐两种实现方式：
  • 填充色映射group，边框色映射节点类型：Fill Color选择group列做离散映射，为4个group分类分别设置不同填充色；再找到「Border Paint（边框颜色）」选项，映射node_type列，为两类节点设置不同边框色，可将边框宽度调整为2~3px提升辨识度。
  • 合并属性做复合映射：在Node Table新建combined_attr列，将node_type和group两个属性拼接为唯一值（例如source_normal、target_middle等），再对该列做离散映射，为每个组合值设置单独的填充色即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者adR