运行Snakemake官方文档CWL支持示例出现mapping values错误如何解决

• 修正CWL文件引用路径
  你当前使用的是GitHub的网页预览地址，返回的是HTML内容并非纯CWL定义文件，导致cwltool解析YAML时报错。你可以将对应samtools-sort.cwl文件下载到本地Snakefile所在目录，将Snakefile中cwl字段的内容修改为本地路径即可：

cwl: "samtools-sort.cwl"

• 升级cwltool版本
  你当前使用的cwltool为2018年发布的1.0版本，与Snakemake 6.9.1的CWL支持模块不兼容，无法适配新版CWL规范的工具定义。在当前conda环境中执行以下命令升级即可：

conda update cwltool

• 校验输入文件存在性
  运行任务前先确认上游生成的输入文件mapped/foo.unsorted.bam在工作目录中存在且有读取权限，避免后续执行时报输入缺失错误。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Pedro Inácio