如何从coxph模型的summary结果中提取exp(-coef)列的数值

关于therapy=0对应HR的取值说明 #

二分类自变量therapy默认以0为参考组时，exp(coef)表示therapy=1相对于therapy=0的风险比（HR）。你提到的1 - exp(coef)是完全错误的计算逻辑，不属于HR的取值范畴。
如果要计算therapy=0相对于therapy=1的HR，等价于exp(coef)的倒数，而数学上1/exp(coef) = exp(-coef)，二者计算结果完全一致，任选一种方式计算即可。

exp(-coef)数值提取方法 #

survival包的coxph()模型默认summary结果的系数矩阵中没有内置exp(-coef)列，不需要尝试从已有列中读取，直接通过原始系数计算即可，常用方法如下：

• 方法1：直接通过拟合对象的原始系数计算

exp_neg_coef <- exp(-coef(mycoxfit))

• 方法2：从summary的系数表中提取exp(coef)后取倒数

# summary系数表第2列为exp(coef)
exp_neg_coef <- 1 / summary(mycoxfit)$coefficients[, 2]

• 方法3：如果需要把该列加入系数汇总表统一管理，可以这样操作：

# 转换为数据框方便操作
cox_summary_df <- as.data.frame(summary(mycoxfit)$coefficients)
# 新增exp(-coef)列
cox_summary_df$`exp(-coef)` <- exp(-cox_summary_df[, 1])
# 提取对应列即可
exp_neg_coef <- cox_summary_df$`exp(-coef)`

如果你之前看到的结果里有exp(-coef)列，大概率是用了broom、survminer这类第三方包做了汇总输出，本质也是通过上述逻辑计算得到的，直接自行计算更灵活可控。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者MDStat