R运行data.table时出现index 'SiteName' exists but is invalid报错如何解决

该报错是data.table与dplyr函数混用导致的索引失效问题：

• 你的all.new是data.table类型对象，且提前为SiteName列创建了原生索引
• 你在循环中使用dplyr的anti_join函数修改all.new时，dplyr不会同步维护data.table的原生索引，导致索引的标记还存在，但实际内容已经和修改后的数据集不匹配
• 后续你再次用all.new[SiteName == sitename]筛选数据时，data.table尝试调用已经失效的SiteName索引，触发了这个内部错误

你可以选择以下任意一种方案解决：

• 方案一：每次修改all.new后主动清理失效索引，在all.new <- anti_join(all.new, df2)代码后新增一行setindex(all.new, NULL)清除所有旧索引，若需要保留索引优化查询速度，也可以直接重建SiteName索引：setindex(all.new, SiteName)
• 方案二：避免data.table与dplyr语法混用，将删除操作替换为data.table原生写法，把all.new <- anti_join(all.new, df2)修改为all.new <- all.new[!df2, on = names(all.new)]，原生操作会自动维护索引，不会出现失效问题
• 方案三：如果你对data.table语法不熟悉，直接在循环开始前将数据集转为普通data.frame即可，新增代码：all.new <- as.data.frame(all.new)，操作完成后如果有需要再转回data.table类型
• 额外优化：建议将你当前的赋值语句all.newpoint[which(all.newdata$Lat %in% unique(df2$Lat) & all.newdata$Lon %in% unique(df2$Lon))]$PointID <- point.id替换为data.table原生赋值写法：all.newpoint[Lat %in% unique(df2$Lat) & Lon %in% unique(df2$Lon), PointID := point.id]，避免链式赋值出现的赋值失效问题

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Heeone Lee