ggplot2设置stat_summary填充透明度与图例，使点完全不透明

问题原因 #

你把alpha = as.factor(cyl)定义在了ggplot()的全局美学映射中，所有图层默认会继承该设置，因此stat_summary生成的点也被应用了可变透明度，导致辨识度下降。

解决方案 #

有两种常用修改方式可选： #

方案1（更推荐）：把alpha映射移到箱线图的局部设置 #

仅让alpha作用于箱线图图层，其他图层不会继承该映射，无需额外配置：

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# !重要提示!
# 假设`palette1`已预先定义，且在多幅图表间共享
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ncols = length(unique(mtcars$gear))
palette1 = scales::hue_pal()(ncols)
names(palette1) = sort(unique(mtcars$gear))
p = ggplot(mtcars, aes(x=as.factor(gear), y=mpg, fill=as.factor(gear))) + # 移除全局alpha映射
      geom_boxplot(aes(alpha=as.factor(cyl))) + # alpha移到箱线图的局部aes中
      scale_alpha_discrete(range = c(0.1, 0.8),guide = guide_legend(override.aes = list(fill = "black"))) +
      rotate_x_text(45) +
      facet_grid(~gear,scale="free") +
      stat_summary(fun=mean, geom="point", shape=5, size=5,position = position_dodge(.75),stroke=1.5) # 点默认完全不透明

set_palette(p, palette1)

方案2：保留全局alpha映射，手动覆盖stat_summary的透明度 #

如果你的其他图层也需要用到全局alpha映射，可以在stat_summary中手动指定alpha=1覆盖全局设置，仅需要修改对应图层的参数即可：

stat_summary(fun=mean, geom="point", shape=5, size=5,position = position_dodge(.75),stroke=1.5, alpha = 1)

两种方案都可以让stat_summary生成的均值点完全不透明，叠加在箱线图上方清晰显示。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者mkk