Ubuntu系统Rstudio中knit Rmd文件生成PDF时绘图标签丢失问题求助

问题表现 #

RStudio内直接运行代码绘图显示正常，将.rmd文件编织为PDF文件时，绘图的坐标轴、标签、标题所有文字内容全部消失，仅保留图形线条。

• RStudio内绘图效果：
• PDF输出绘图效果：

已确认基础信息 #

• 全程无任何报错信息
• 文档内公式渲染正常
• 运行环境：Ubuntu 20.04 + RStudio 2021.09.0 + R 4.1.1

已尝试无效操作 #

• 安装全套X11相关依赖包
• 安装texlive-latex-extra
• 重启RStudio

修复方案 #

该问题为Linux环境下R默认PDF图形设备对字体兼容性不足导致，可通过以下任意一种方式修复：

方案1：全局指定cairo_pdf为绘图设备 #

在Rmd文件最开头添加全局设置代码块：

knitr::opts_chunk$set(dev = "cairo_pdf")

方案2：仅给绘图代码块指定cairo设备 #

修改绘图代码块的头部参数：

# 原代码块头部为 {r}，修改为如下
{r dev="cairo_pdf"}
# plotting cars data
plot(cars)

方案3：在YAML配置中指定绘图设备 #

修改Rmd头部的YAML配置，添加dev参数：

title: "knitting example"
author: "S_B04"
output:
  pdf_document:
    dev: cairo_pdf
    extra_dependencies:
    - bbm
    - xcolor
    toc: yes

如果修改后仍有问题，可先安装系统基础字体包再重试：

sudo apt-get install fonts-dejavu

内容的提问来源于stack exchange，提问作者S_B04