R语言将OTU表转为betapart包适用二进制表并保留行名的方法咨询

方法1：修复现有代码的行名丢失问题 #

行名丢失的原因是lapply返回列表结构，转换为数据框时默认会丢弃原有行名，只需提前保存行名、转换后重新赋值即可：

feat_table2 <- as.data.frame(t(feat_table)) #转置表格 
colnames(feat_table2) <- feat_table2[1, ] #将第一行设为列名 
feat_table3 <- feat_table2[-c(1),] #删除重复的首行
# 提前保存样本行名
row_names <- rownames(feat_table3)
# 转换列类型+二值化
feat_table3 <- lapply(feat_table3,as.numeric)
feat_table3 <- as.data.frame(feat_table3)
# 把保存的行名赋值回新数据框
rownames(feat_table3) <- row_names
# 生成二值化结果
feat_table3_bin <- as.data.frame(ifelse(feat_table3>0,1,0))

方法2：更高效的实现思路（推荐） #

现有代码的冗余问题来源于转置时包含了非数值的ASV列，导致后续需要额外做字符转数值的操作。可以先将ASV列设为行名得到纯数值矩阵，再转置二值化，全程不会丢失行名，代码更简洁：

library(tidyverse)
# 1. 将ASV列设为行名，得到纯数值的OTU计数矩阵
otu_mat <- feat_table %>% 
  column_to_rownames("ASV") %>% 
  as.matrix()
# 2. 转置+二值化一步完成
otu_bin_mat <- t(otu_mat)
otu_bin_mat[otu_bin_mat > 0] <- 1
# 3. 转为数据框，直接可用作betapart输入
otu_bin_df <- as.data.frame(otu_bin_mat)

如果你的OTU表是直接从phyloseq对象中提取的，还可以进一步简化：

# 直接从phyloseq对象提取二值化转置后的OTU表
otu_bin_df <- otu_table(your_physeq_obj) %>%
  t() %>%
  apply(2, function(x) ifelse(x > 0, 1, 0)) %>%
  as.data.frame()

内容的提问来源于stack exchange，提问作者pavlo