Bookdown使用自定义csl时kableExtra latex格式表格引文失效问题问询

根本原因 #

你遇到的问题是引用处理阶段不匹配导致的：

• 你在配置中指定了csl: nature.csl且citation_package: none，此时引用完全由pandoc-citeproc在markdown解析阶段处理，只会识别markdown格式的[@引用键]语法，且不会处理已经生成的原生LaTeX代码中的内容。
• format="latex"的kable输出是原生LaTeX代码块，pandoc-citeproc不会扫描其中的内容，你写的\\cite{xxx}是LaTeX原生引用命令，在citation_package: none的配置下，LaTeX编译阶段也没有对应的引用处理工具对其解析，最终就会显示为[?]。
• 而format="markdown"的kable输出是markdown格式表格，属于pandoc-citeproc的扫描范围，所以里面的[@引用键]可以正常渲染。

可行解决方案 #

方案1：预渲染引用后插入LaTeX表格（无需修改现有CSL配置） #

提前将需要插入表格的引用用pandoc规则渲染为格式化文本，再填入表格内容即可，修改后的表格代码如下：

# 先定义引用渲染函数
render_cite <- function(key) {
  knitr::knit(text = paste0("@", key), quiet = TRUE)
}

tibble(`Column 1 Header` = c("Some fairly short text", "More similarly short text"),
           Column2 = c(paste0("A very very very very very very very very very very long sentence with citation", render_cite("xie2015"), ". And then another fairly wordy sentence."), 
                       paste0("A different but also very very very very very very very very long sentence with different", render_cite("R-base"), ". And then another fairly wordy sentence."))) %>% 
kable(format = "latex",
      caption = "Table using Latex Option",
      longtable = TRUE,
      booktabs = TRUE,
      escape = FALSE) %>% 
 column_spec(column = 1, width = "5cm") %>% 
 column_spec(column = 2, width = "8cm")

这个方案可以完全保留你现有的CSL配置，也不需要调整其他构建流程，引用格式和文档其他位置完全一致。

方案2：改用biblatex处理引用（适合需要大量LaTeX原生引用的场景） #

如果你需要频繁在LaTeX代码块中使用引用，可以放弃pandoc-citeproc的CSL处理，改用biblatex搭配对应nature风格的格式文件：

1. 删掉index.Rmd头部的csl: nature.csl配置
2. 修改_output.yml中pdf_book的配置，将citation_package: none改为citation_package: biblatex
3. 在preamble.tex中加入配置指定nature风格的biblatex格式：

\usepackage[style=nature, backend=biber]{biblatex}
\addbibresource{book.bib}
\addbibresource{packages.bib}

4. 原有表格中的\\cite{xxx}语法可以完全保留，编译时会由biblatex直接处理，表格内外的引用格式完全一致。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者c_j_fairfield