Mac OSX Big Sur系统编译Platanus v1.2.4基因组组装工具报错求助
MacOS 编译Platanus报错修复方案
以下是剩余两个报错的对应修复方法:
- 修复
-finline-limit未知参数报错:-finline-limit是GCC专属参数,LLVM Clang中对应的同类参数为-inline-threshold,直接将CXXFLAGS中的-finline-limit-50000替换为-inline-threshold=50000即可解决。 - 修复
-lm: 'linker' input unused警告:-lm是数学库链接参数,仅在链接阶段生效,不能放在编译阶段的CXXFLAGS配置中。你需要将该参数从CXXFLAGS中移除,单独添加到链接参数LDFLAGS中,同时补充LLVM的库路径配置,避免OpenMP库找不到的问题。
另外建议将编译器配置从clang改为clang++,避免后续C++标准库链接异常,修改后的完整Makefile配置参考如下:
CXX = /usr/local/opt/llvm/bin/clang++ CXXFLAGS = -I/usr/local/opt/llvm/include -std=c++0x -O3 -funroll-loops -Wall -fopenmp -inline-threshold=50000 -Dnullptr=0 LDFLAGS = -L/usr/local/opt/llvm/lib -fopenmp -lm
补充注意事项
如果你的设备是M1/M2系列ARM架构Mac,Homebrew的LLVM默认安装路径为/opt/homebrew/opt/llvm,需要将上述配置中所有/usr/local/opt/llvm路径替换为ARM架构对应的安装路径。
修改完成后先执行make clean清理旧的编译缓存,再重新运行make即可完成编译。
内容的提问来源于stack exchange,提问作者user17185345
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