根据你描述的问题，核心原因是OpenJDK 11移除了Java EE相关的内置模块（包括JAXB），而你使用的Eclipse Parallel 2019-03-R中的PTP插件版本依赖旧的com.sun.xml.internal.bind实现，导致启动时找不到指定的工厂类。下面是几个可行的解决思路，按推荐优先级排序：

一、升级到兼容OpenJDK 11的新版Eclipse Parallel Tools #

你之前尝试的Photon-R（2018-09）版本太老，对JDK11的支持不完善，而2019-03-R的PTP插件也未完全适配JDK11的模块化变化。建议直接下载2020-06及以后版本的Eclipse Parallel Tools（比如最新的2023-09版），这些版本已经更新了PTP插件的依赖，原生支持OpenJDK11，能避免JAXB相关的错误。

操作步骤很简单：

• 卸载旧版Eclipse（保留工作区即可）
• 从官方下载对应版本的Eclipse Parallel安装包
• 安装后重新配置MPI运行环境，选择Generic OpenMPI Interactive和Local连接类型，应该就能正常启动调试了。

二、给现有Eclipse手动添加JAXB依赖并修改启动参数 #

如果不想升级Eclipse，可以手动补充JAXB的第三方实现，让PTP插件能找到所需的工厂类：

1. 下载JAXB相关依赖包
   需要以下4个JAR包（推荐版本2.3.1，确保兼容性）：

   • jaxb-api-2.3.1.jar
   • jaxb-impl-2.3.1.jar
   • jaxb-core-2.3.0.jar
   • javax.activation-1.2.0.jar

2. 配置Eclipse的Dropins插件

   • 在Eclipse安装目录下创建dropins/jaxb文件夹
   • 将下载的4个JAR包放入该文件夹
   • 在dropins/jaxb下新建bundle.info文件，内容如下：

     Bundle-Name: JAXB Dependencies
     Bundle-SymbolicName: com.sun.jaxb.dependencies
     Bundle-Version: 2.3.1
     Bundle-ClassPath: jaxb-api-2.3.1.jar, jaxb-impl-2.3.1.jar, jaxb-core-2.3.0.jar, javax.activation-1.2.0.jar
     Export-Package: javax.xml.bind, javax.xml.bind.annotation, javax.xml.bind.annotation.adapters, javax.xml.bind.attachment, javax.xml.bind.helpers, javax.xml.bind.util, com.sun.xml.bind.v2, com.sun.xml.bind.v2.annotation, com.sun.xml.bind.v2.model.annotation, com.sun.xml.bind.v2.model.core, com.sun.xml.bind.v2.model.impl, com.sun.xml.bind.v2.model.nav, com.sun.xml.bind.v2.model.runtime, com.sun.xml.bind.v2.runtime, com.sun.xml.bind.v2.runtime.annotation, com.sun.xml.bind.v2.runtime.reflect, com.sun.xml.bind.v2.runtime.unmarshaller, com.sun.xml.bind.v2.runtime.marshaller, com.sun.xml.bind.v2.util
     Bundle-ManifestVersion: 2
     

3. 修改Eclipse启动参数
   打开Eclipse安装目录下的eclipse.ini，在末尾添加一行：

   -Djavax.xml.bind.JAXBContextFactory=com.sun.xml.bind.v2.ContextFactory
   

4. 重启Eclipse，重新配置MPI运行环境，测试是否解决启动错误。

三、降级到OpenJDK 8 #

如果以上方案都不适用，可以考虑降级JDK版本：

• 在Ubuntu 18.04上安装OpenJDK 8：sudo apt install openjdk-8-jdk
• 打开Eclipse的Window > Preferences > Java > Installed JREs，添加OpenJDK 8并设为默认
• 此时可以尝试使用2017年之前的Eclipse版本（比如Neon版），这些版本对JDK8的支持完善，PTP插件也能正常工作，不会出现JAXB相关问题。

替代调试方案 #

如果Eclipse PTP始终有问题，也可以试试这些替代方式：

• 使用gdb-mpi：在终端中直接运行mpiexec -n <进程数> gdb --args <你的MPI程序>，配合GDB的多进程调试命令（比如set detach-on-fork off）进行调试
• 使用Visual Studio Code：安装MPI相关插件（比如OpenMPI Debugger），VSCode对OpenJDK11的支持更好，配置流程也更简洁。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者CW Jin