R语言中转置dataframe后列变为字符类型如何转回数值

问题根源 #

R内置的t()转置函数处理数据框时，会先将数据框转换为矩阵，而矩阵要求所有元素类型统一，只要原数据框中存在任意非数值内容（常见为将样本ID列存为普通数据列而非行名），所有元素会被强制转换为字符型，转置后再转回数据框自然全为字符类型。
另外直接对数据框整体调用as.numeric()属于错误用法：该操作会将数据框的所有元素拉平为一维数值向量，所以你会得到维度异常的结果。

可行解决方案 #

方案1：导入时正确配置行名后转置 #

如果原始Excel第一列为样本标识，导入时直接将其设置为行名，保证数据框内所有数据列均为纯数值：

library(readxl)
library(tibble)

# 导入Excel，将第一列设为行名
Old_data <- read_excel("data.xlsx") %>% 
  column_to_rownames(var = 1)

# 转置后直接转为数据框，所有列自动保留数值类型
New_data <- as.data.frame(t(Old_data))

方案2：转置后批量转换列类型 #

如果已完成导入不想重复处理导入流程，可对转置后的数据框批量转换数值类型：

library(dplyr)

# 先完成转置
New_data <- as.data.frame(t(Old_data))

# 对所有可安全转换为数值的列做类型转换，自动跳过非数值的标识列
New_data <- New_data %>%
  mutate(across(where(~all(!is.na(as.numeric(.x)))), as.numeric))

方案3：用长宽转换替代t()转置 #

用tidyr的长宽转换逻辑实现转置，不会触发全表类型强制转换：

library(tidyr)
library(tibble)

New_data <- Old_data %>%
  rownames_to_column("sample_id") %>%
  pivot_longer(-sample_id) %>%
  pivot_wider(names_from = sample_id, values_from = value)

校验方法 #

执行str(New_data)即可查看每列的数据类型，确认转换是否符合预期。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Reda