Snakemake仅运行第一条规则不执行全部任务，如何修复Snakefile？

问题根因 #

Snakemake不会按照规则的书写顺序依次执行所有规则，默认执行逻辑是：以文件中定义的第一条规则为目标规则，仅生成该规则对应的输出文件后就结束。你把用来指定最终目标的all规则放在了所有规则的末尾，因此运行无参数的snakemake命令时，只会执行排在最前面的do00_download_step01_download_规则。
另外你当前的Snakefile还存在一个语法问题：do99_figures_step01_make_figure规则的input部分两个输入文件之间缺少逗号分隔，后续执行到该规则时会触发语法错误。

修复方法 #

1. 先修复语法问题，给do99_figures_step01_make_figure的两个输入文件之间添加逗号：

rule do99_figures_step01_make_figure:
    input:
        "plot/dist.png",
        "plot/heatmap.png"
    output:
        "figs/fig01.svg"
    run:
        from lib.do99_figures import do99_figures_step01_make_figure
        do99_figures_step01_make_figure()

2. 再选择以下任意一种方案解决执行顺序问题：

• 调整规则顺序：把all规则移动到Snakefile的最开头，这样运行无参数的snakemake时，就会以all规则的输入figs/fig01.svg为最终目标，自动推导依赖链，执行所有需要的前置步骤。
• 运行时指定目标规则：不需要修改Snakefile，执行命令时手动指定目标为all即可：snakemake all

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user3521099