Linux下.star格式转换脚本运行报错及输出异常问题求助

问题1：脚本语法报错+文件名末尾带问号修复 #

该问题是由于脚本换行符为Windows格式\r\n导致，Linux系统仅识别\n作为换行符：

• 多余的\r字符被识别为普通文件名后缀，显示为问号
• Shell无法正常识别脚本行结束标记，触发语法错误

执行以下命令转换脚本换行格式即可：

# 若已安装dos2unix直接用
dos2unix ./script.sh

# 未安装dos2unix用sed转换
sed -i 's/\r$//' ./script.sh

问题2：输出文件仅含头部无数据修复 #

换行格式修正后如果仍无数据，按以下步骤排查：

• 先验证目标路径是否存在.star文件，执行命令：

  ls /data/CRYOSPARC/cryolo/full_data/STAR/*.star
  

  若提示找不到文件，将脚本内的路径替换为.star文件实际存放路径即可
• 原脚本awk逻辑NF>3是正确的，刚好可以跳过头部行只输出数据行，无需修改

优化后稳定版本脚本 #

#!/bin/bash
# 写入输出文件头部
cat > ../picks.star <<EOF
data_

loop_
_rlnMicrographName #1
_rlnCoordinateX #2
_rlnCoordinateY #3

EOF

# 遍历提取数据
for file in /data/CRYOSPARC/cryolo/full_data/STAR/*.star; do
    # 跳过通配符未匹配到文件的异常情况
    [ -f "$file" ] || continue
    # 如果需要保留文件全路径，把下面的fname替换成$file即可
    fname=$(basename "$file")
    awk -v f="$fname" 'NF>3 {print f"\t"$1"\t"$2}' "$file" >> ../picks.star
done

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Omid