你遇到的这个语法错误其实很常见——pip是系统命令行工具，不是Python代码语句，所以不能在Python交互环境（就是显示>>>提示符的那个界面）里直接输入执行。下面给你几个针对性的解决办法：

方法1：退出Python交互环境，在系统终端执行命令 #

这是最常规也最推荐的方式：

• 先在Python交互环境里输入exit()，或者按下Ctrl+D组合键，退出回到系统终端（提示符会变成类似yourname@MacBook-Pro ~ %这样的样式）
• 然后直接在终端里输入：

  pip install biopython
  

• 考虑到你用的是Anaconda环境，更推荐用conda来安装，兼容性更好：

  conda install biopython
  

方法2：在Python交互环境内间接执行pip命令（应急方案） #

如果暂时不想退出交互环境，可以通过Python的subprocess模块调用系统命令：

import subprocess
subprocess.check_call(["pip", "install", "biopython"])

方法3：确认Anaconda环境已激活 #

有时候如果Anaconda的环境没激活，可能会调用系统默认的Python版本，导致命令异常：

• 在系统终端输入以下命令激活默认的base环境（旧版Anaconda可能需要用source activate base）：

  conda activate base
  

• 激活成功后再执行pip install biopython或者conda install biopython就可以了

额外提醒 #

一定要区分系统终端和Python交互环境：系统终端用来执行系统级命令（比如pip、conda、ls），而Python交互环境是用来编写和运行Python代码的，不要把两者的命令混着用哦。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Jose Alejandro Estrella