VMD的psfgen模块使用问题：合并PDB后亚基异常共价连接如何解决

psfgen默认会为连续的蛋白质残基自动生成肽键连接，你当前的脚本没有为两个独立亚基明确指定末端封口补丁，程序会误将A链的C端和D链的N端判定为需要共价连接的连续残基，最终导致整体结构异常。如果原始PDB坐标没有缺失，guesscoord命令也可能额外生成错误的冗余原子坐标加重结构混乱。

package require psfgen 

topology top_all27_prot_lipid.inp 

pdbalias residue HIS HSE 
pdbalias atom ILE CD1 CD 

# 构建A链时明确添加N端、C端封口补丁
segment A {
  first NTER
  last CTER
  pdb BChain270VerCTrue.pdb
} 

# 构建D链时同样添加末端封口补丁
segment D {
  first NTER
  last CTER
  pdb barn_noH2o_ChainD.pdb
} 

coordpdb BChain270VerCTrue.pdb A 
coordpdb barn_noH2o_ChainD.pdb D 

# 原始PDB坐标完整时可注释掉下行，避免错误生成坐标
# guesscoord 

writepdb BarnaseBarnstar270True.pdb 
writepsf BarnaseBarnstar270True.psf

• 确认两个原始PDB文件的最后一个原子行后都有TER标识符，标识单链结束，没有的话手动添加即可
• 如果你的两个亚基本身存在N端乙酰化、C端酰胺化等特殊修饰，将脚本中的NTER/CTER替换为拓扑文件中对应的修饰补丁名称即可

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ChrisG