Python使用matplotlib绘制热图时x轴标签被截断问题求解决方案

我希望有人能帮我指出操作中的错误：我正在绘制尺寸为182×794的热图，但最终生成的图像x轴标签被截断，图中的点值看起来显示了部分甚至全部，很难明确判断。
生成的图像如下：

我的代码 #

from scipy.cluster.hierarchy import dendrogram, linkage
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib import gridspec

linked = linkage(hmapNP,'single')

figure= plt.figure(figsize=(50,50))
gs1 = gridspec.GridSpec(2,7)
gs1.update(wspace=0.01)
ax1 = plt.subplot(gs1[0:-1, :2])
dendrogram(linked, orientation='left', distance_sort='descending',show_leaf_counts=True,no_labels=True)
ax1.spines['left'].set_visible(False)
ax1.spines['top'].set_visible(False)
ax1.spines['right'].set_visible(False)

ax2 = plt.subplot(gs1[0:-1,2:6])
f = ax2.imshow(hmapNP, cmap='PRGn_r', interpolation='nearest')

ax2.set_title('Fingerprint Similarity',fontsize=20,weight='bold')
ax2.set_xticks(range(len(meaNameTrueList)))
ax2.set_yticks(range(len(drugNameTrueFinalList)))
ax2.set_xticklabels(meaNameTrueList,rotation=90,size=6)
ax2.set_yticklabels(drugNameTrueFinalList,rotation=45,size=6)

ax3 = plt.subplot(gs1[0:-1,6:7])
m=plt.colorbar(f,cax=ax3,shrink=0.75,orientation='vertical',spacing='uniform',pad=0.01)
m.set_label('Fingerprint Similarity')

plt.tick_params('both',width=2)
plt.plot()

变量hmapNP的形状为(182, 794)，示例值如下：

array([[0.05633803, 0.0610687 , 0.06289308, ..., 0.06024096, 0.04411765,
        0.06134969],
       [0.03947368, 0.07936508, 0.08888889, ..., 0.06060606, 0.05970149,
        0.0625    ],
       [0.2       , 0.18055556, 0.08490566, ..., 0.17307692, 0.17333333,
        0.10185185],
       ...,
       [0.0625    , 0.05970149, 0.075     , ..., 0.0591716 , 0.04316547,
        0.06024096],
       [0.08333333, 0.12048193, 0.07894737, ..., 0.09243697, 0.07865169,
        0.13392857],
       [0.07070707, 0.07954545, 0.06837607, ..., 0.06451613, 0.08888889,
        0.08403361]])

导致x轴标签被截断的核心原因有三点：

• 你使用的2行7列GridSpec布局第二行处于空置状态，没有给底部x轴标签预留足够的显示空间，且画布宽高比和热图本身的宽高比不匹配，挤压了标签的显示区域
• 没有调整子图底部边距，旋转90度的x轴标签延伸到了画布可视区域之外
• x轴标签没有设置对齐参数，和刻度的匹配存在偏移，进一步加剧了截断问题
  修改后的代码如下：

from scipy.cluster.hierarchy import dendrogram, linkage
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib import gridspec

linked = linkage(hmapNP,'single')

# 调整画布宽高比适配热图的宽高比（794:182≈4.36:1），避免拉伸挤压
figure = plt.figure(figsize=(70, 25))
# 改用1行7列的网格，不需要空置的第二行
gs1 = gridspec.GridSpec(1,7)
gs1.update(wspace=0.01)

ax1 = plt.subplot(gs1[:, :2])
dendrogram(linked, orientation='left', distance_sort='descending',show_leaf_counts=True,no_labels=True)
ax1.spines[['left','top','right']].set_visible(False)

ax2 = plt.subplot(gs1[:,2:6])
# 加aspect='auto'避免热图强制等比例拉伸
f = ax2.imshow(hmapNP, cmap='PRGn_r', interpolation='nearest', aspect='auto')

ax2.set_title('Fingerprint Similarity',fontsize=20,weight='bold')
ax2.set_xticks(range(len(meaNameTrueList)))
ax2.set_yticks(range(len(drugNameTrueFinalList)))
# 加ha='right'让旋转后的标签和刻度对齐更准确
ax2.set_xticklabels(meaNameTrueList, rotation=90, size=6, ha='right')
ax2.set_yticklabels(drugNameTrueFinalList, rotation=45, size=6, va='center')

ax3 = plt.subplot(gs1[:,6:7])
m=plt.colorbar(f,cax=ax3,shrink=0.75,orientation='vertical',spacing='uniform',pad=0.01)
m.set_label('Fingerprint Similarity')

plt.tick_params('both',width=2)
# 调整底部边距给x轴标签留空间，可根据实际标签长度调整bottom的数值
figure.subplots_adjust(bottom=0.2)
plt.show()

如果你的x轴标签本身长度差异很大，可以适当调大bottom的数值，或者进一步缩小xticklabels的字号，就能完全避免截断问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Anthony Nash