如何将R语言for循环生成的多组数据合并绘制到同一张散点图

核心调整逻辑 #

• 预先创建列表存储每个性状（trait）的p值计算结果，避免循环过程中数据被覆盖
• 先完成所有性状的关联分析计算，再统一绘图：先绘制符合坐标轴范围的空白画布，再逐个添加不同颜色的散点
• 最后增加图例区分不同性状，也可按需调整点的透明度优化重叠展示效果

修改后完整代码 #

pts <- read.csv('data_rqtl_phenotypes.csv',as.is=T)
gts <- read.csv('data_rqtl_genotypes.csv',as.is=T)
gts <- gts[,c(1,grep('2B',gts[1,]))]### use only 1B
gts <- gts[,!apply(gts[2,],1,duplicated)]### remove duplicated
dim(gts)### 93 229
map <- gts[1:2,]### salvage map
gts <- gts[-c(1:2),]
gts[gts=='-'] <- NA
testdfr <- merge(pts,gts,by='id')
testdfr[1:5,1:10]

# 预先定义存储所有性状p值的列表
all_pvalue <- list()
trait_names <- colnames(pts)[-1]
# 自定义颜色组，数量自动匹配性状数量，也可替换为rainbow(length(trait_names))自动生成
trait_colors <- c("red","blue","green","orange","purple","brown")[1:length(trait_names)]
# 若重叠严重可调整透明度，示例：trait_colors <- adjustcolor(trait_colors, alpha.f = 0.6)

# 第一步：循环计算所有性状的p值，统一存入列表
for( trait in trait_names)
{
 print(trait)
 pValueL <- c()
 for(marker in colnames(gts))
 {
    model <- try(lm(testdfr[,trait]~testdfr[,marker]))
    {
        if(any("try-error"%in%class(model)))
            print('not enough data for a test')
        else
        {
            modelsum <- summary(model)
            coeffs <- modelsum$coefficient
            pValue=coeffs[grep('[AB]$',row.names(coeffs)),grep('Pr',colnames(coeffs))]
            if(length(pValue)>0)
                pValueL[marker] <- pValue
        }
    }
 }
 all_pvalue[[trait]] <- pValueL
}

# 第二步：合并绘制所有性状的散点图
pdf('SingleMarkerAnalysis_ParW471_2021_10_21_combined.pdf')
# 先绘制空白画布确定坐标轴范围
plot(x = as.numeric(map[2,]), y = rep(0, ncol(map)), type = "n", 
     xlab = 'Chr 1B [cM]', ylab = '-log10(pValue)',
     ylim = c(0,7), main = "All traits single marker association")
# 逐个添加不同性状的散点
for(i in 1:length(trait_names)){
  pval <- all_pvalue[[trait_names[i]]]
  x_pos <- as.numeric(map[2, names(pval)])
  y_val <- -log10(pval)
  points(x_pos, y_val, col = trait_colors[i], pch = 16)
}
# 添加图例，可调整cex参数缩放图例大小
legend("topright", legend = trait_names, col = trait_colors, pch = 16, cex = 0.8)
dev.off()

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Jamuzal