R包Gviz安装成功但无法加载,提示GOMP_4.5版本缺失是什么原因?
错误原因
该报错的根因并非Gviz包本身存在问题,而是Gviz的依赖包data.table加载失败触发的连锁问题:你当前系统内置的libgomp(GCC提供的OpenMP并行计算运行库)版本过低,编译安装data.table时使用的GCC版本高于系统内置版本,生成的datatable.so动态库要求GOMP_4.5版本支持,但系统/lib/libgomp.so.1无法满足该版本要求,最终导致Gviz加载失败。
解决方案
可按需求选择以下任意一种方案处理:
- 方案1:升级系统GCC版本(推荐)
GOMP_4.5为GCC 9及以上版本提供的版本标识,将系统GCC升级到9及以上版本后重新编译安装data.table即可解决:- Debian/Ubuntu系列发行版执行:
配置默认GCC版本后,在R中执行sudo apt update && sudo apt install gcc-9 g++-9install.packages("data.table", type = "source")重新源码安装data.table - CentOS/RHEL系列发行版执行:
启用高版本GCC环境后,在R中重新源码安装data.tablesudo yum install devtoolset-9-gcc devtoolset-9-gcc-c++ scl enable devtoolset-9 bash
- Debian/Ubuntu系列发行版执行:
- 方案2:降级data.table到兼容旧版本
如果你不想修改系统GCC版本,可以安装不需要GOMP_4.5支持的旧版data.table:
在R中执行:remotes::install_version("data.table", version = "1.13.0") - 方案3:conda环境下的适配方案
如果你是通过conda安装的R环境,直接执行conda命令重装data.table即可,conda会自动匹配适配系统的依赖版本:conda install r-data.table
内容的提问来源于stack exchange,提问作者junzhi qi
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