我的R nls模型plot代码运行正常，knit时失败是什么原因？

• R默认的stats基础包未提供nls模型对象对应的plot() S3方法，你本地交互环境可正常运行，是因为你之前已经加载了带plot.nls方法的第三方扩展包（例如nlstools、car等常用统计扩展包都内置了该方法），但你没有在R Markdown的代码块中显式声明加载对应包。
• Knit操作会启动独立的全新R会话，不会继承你本地交互环境已加载的包，此时调用plot(lmod)会触发默认的plot.default()方法，将nls模型对象作为普通列表解析，无法找到绘图所需的x、y字段，就会抛出你看到的错误。

你可以根据自己的需求任选一种方案修复：

• 方案1：在R Markdown的代码块开头显式加载你交互环境中使用的对应扩展包，例如使用nlstools的话添加一行：

library(nlstools)

• 方案2：不依赖第三方包的隐式绘图方法，手动编写绘图代码：

# 绘制原始散点
plot(Mass ~ Age, data = dinodat, main = "年龄与体重拟合关系")
# 生成拟合线数据
pred_dat <- data.frame(Age = seq(min(dinodat$Age), max(dinodat$Age), length.out = 100))
pred_dat$fit_mass <- predict(lmod, newdata = pred_dat)
# 添加拟合线
lines(fit_mass ~ Age, data = pred_dat, col = "red", lwd = 2)

• 方案3：如果不需要输出nls的拟合诊断图，直接删除plot(lmod)这行代码即可，不会影响模型参数计算和置信区间输出。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Alison Meeth