conda环境安装gdc-client报glibc相关UnsatisfiableError如何解决
gdc-client conda安装glibc依赖冲突解决方案
该报错为bioconda源中的gdc-client预编译包依赖规则与当前系统glibc 2.31版本不匹配导致,可通过以下方法解决:
- 方案1:新增conda-forge通道安装
安装时同时指定conda-forge与bioconda通道,优先拉取conda-forge源下的适配版本依赖:
conda install -c conda-forge -c bioconda gdc-client
- 方案2:创建独立干净环境安装
避免现有环境内已有包的版本约束冲突,单独创建专属环境运行gdc-client:
# 创建名称为gdc_env的环境,指定兼容的python3.8版本 conda create -n gdc_env python=3.8 # 激活环境 conda activate gdc_env # 安装gdc-client conda install -c conda-forge -c bioconda gdc-client
- 方案3:直接使用官方预编译二进制包
无需通过conda解决依赖,下载GDC官方编译好的Linux版本可执行文件,解压即可调用:
# 解压下载的官方压缩包,以实际下载的文件名为准 unzip gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64.zip # 赋予执行权限 chmod +x gdc-client # 直接执行下载命令即可 ./gdc-client download -m /home/melissachua/CODEX/gdc_manifest_20211027_035232
内容的提问来源于stack exchange,提问作者Cali
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