Nextflow运行vcftools仅生成.weir.fst文件无.log文件问题求助

1. 输出文件glob匹配规则错误 #

你当前process的output定义为path "*.log.*"，这个匹配规则要求文件名必须包含.log.（即.log后面紧跟一个点和其他字符）：

• 匹配：xxx.log.weir.fst（符合规则，所以能正常捕获）
• 不匹配：xxx.log（纯日志文件，.log后面没有其他字符，完全无法被规则命中）

Nextflow只会收集匹配输出规则的文件，未匹配的文件默认不会被发布到publishDir，部分场景下任务完成后也不会在工作目录保留。

2. Nextflow默认严格错误检查导致脚本提前终止 #

Nextflow默认会在所有任务脚本开头注入set -e配置，只要脚本中任意命令返回非0退出码，整个脚本就会立即终止。而你手动执行bash .command.sh时，默认没有开启该配置，哪怕某一步vcftools运行返回非0（比如出现警告、部分位点被过滤的场景），也会跑完所有步骤，生成全部文件。

3. 重名覆盖风险 #

如果你的mart输入文件有多行，且不同行的$inicio值相同，后续运行的vcftools会直接覆盖之前生成的.log文件，最终只会保留最后一行对应的日志文件。

1. 修改output规则，同时匹配两类输出文件：

output:
path "*.log"
path "*.log.weir.fst"

也可以用单规则匹配两种格式：

output:
path "*.log{,.weir.fst}"

2. 如果确认vcftools的非0退出码不影响最终结果，可以在脚本开头关闭严格错误检查：

"""
set +e
while read linea
        do
            echo "[DEBUG] working in line: \$linea"
            inicio=\$(echo "\$linea" | cut -f3)
            final=\$(echo "\$linea" | cut -f4)
            cromosoma=\$(echo "\$linea" | cut -f1)
            segmento=\$(echo "\$linea" | cut -f5)
            vcftools --vcf ${vcf} \
                 --weir-fst-pop ${pop_1} \
                 --weir-fst-pop ${pop_2} \
                 --out \$inicio.log --chr \$cromosoma \
                 --from-bp \$inicio --to-bp \$final
        done < ${mart}
"""

3. 避免重名覆盖，给输出前缀加唯一标识，比如用$inicio_$cromosoma_$segmento作为输出前缀：

vcftools --vcf ${vcf} \
     --weir-fst-pop ${pop_1} \
     --weir-fst-pop ${pop_2} \
     --out \${inicio}_\${cromosoma}_\${segmento}.log --chr \$cromosoma \
     --from-bp \$inicio --to-bp \$final

如果修改后还是无法生成.log文件，可以在vcftools命令末尾添加2>> \${inicio}.log，强制把标准错误输出写入日志文件，避免日志被Nextflow捕获到任务的.stdout/.stderr文件中。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者fernanda-miron