如何保存R生成的单页无法容纳的超长植物系统发育树图片

方案1：突破页面尺寸限制导出单页大图 #

R图形设备本身没有55cm的尺寸上限，你遇到的限制大概率是ggsave等封装函数的默认校验规则，可通过参数关闭限制并自定义超大尺寸：

• 直接使用基础pdf/png设备导出：

  # 导出超大尺寸pdf，单位可指定为cm，尺寸可按需调整
  pdf("完整系统发育树.pdf", width = 60, height = 200, units = "cm", useDingbats = FALSE)
  # 此处运行你的绘图代码
  dev.off()
  
  # 导出超大尺寸png，设置300dpi保证打印清晰度
  png("完整系统发育树.png", width = 60, height = 200, units = "cm", res = 300)
  # 此处运行你的绘图代码
  dev.off()
  

• 若使用ggtree/ggplot2绘图，可通过ggsave的limitsize参数关闭尺寸限制：

  # p为你已经生成的系统发育树绘图对象
  ggsave("完整系统发育树.pdf", plot = p, width = 60, height = 200, units = "cm", limitsize = FALSE)
  

方案2：分多页导出 #

如果需要拆分到多页便于查看，可先按类群/物种数量将系统发育树拆分为多个子图，依次打印到同一个pdf的不同页面：

# 打开多页pdf设备，尺寸按需设置
pdf("分册系统发育树.pdf", width = 30, height = 80, units = "cm")
# p1、p2为拆分后生成的两个子树绘图对象，有更多分页可依次添加
print(p1)
print(p2)
# 关闭设备
dev.off()

如果使用基础plot函数绘制发育树，可按每页可容纳的物种数量拆分分类单元，循环生成每页内容即可。

其他优化查阅的可选方案 #

• 导出为矢量pdf后，使用PDF阅读器的无限滚动、放大功能查看，矢量格式不会因缩放出现模糊，无需拆分也能清晰查看每个物种标注
• 转换为交互式可视化，使用plotly、phyloseq等包生成可缩放、可拖拽、悬浮显示物种详情的HTML格式文件，完全不受页面尺寸限制
• 如果需要实体打印，可先导出超大尺寸矢量pdf，使用打印工具自带的「海报打印」功能自动拆分到多张标准尺寸纸张，拼接后即可得到完整的系统发育树

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Anh