R语言为截断数据拟合gamma分布时dtruncated_gamma未定义错误如何解决

错误原因 #

fitdistrplus::fitdist 接收字符串格式的分布名时，会自动在全局环境搜索匹配 d<分布名>、p<分布名> 格式的分布函数。你在fit_gamma内部定义的dtruncated_gamma、ptruncated_gamma是函数内部的局部对象，fitdist执行时无法访问，因此抛出找不到函数的错误。

修复方案 #

不需要将自定义函数注册到全局环境，直接把密度、累计分布函数以列表形式传入fitdist的distr参数即可，修改后的函数代码如下：

# 为截断数据拟合gamma分布
fit_gamma <- function(y, left = NULL, right = NULL){
  
  dtruncated_gamma <- function(x, scale, shape) {
    dtrunc(x, "gamma", a = left, b = right, scale = scale, shape = shape)
  }
  
  ptruncated_gamma <- function(q, scale, shape) {
    ptrunc(q, "gamma", a = left, b = right, scale = scale, shape = shape)
  }
  
  fitdistrplus::fitdist(y, 
                        distr = list(dens = dtruncated_gamma, pdist = ptruncated_gamma),
                        method = "mle",
                        lower = c(scale = 0, shape = 0), 
                        start = list(scale = 149919.5, shape = 0.8955081))
}

功能验证 #

调用fit_gamma(f, left = 30000, right = Inf)即可正常返回拟合结果。

可选优化 #

如果需要适配不同的输入数据，避免写死初始值，可以先通过矩估计计算普通Gamma分布的参数作为初始值，替换原有start参数即可：

# 自动估算初始值
start_vals <- fitdistrplus::fitdist(y, "gamma", method = "mme")$estimate

内容的提问来源于stack exchange，提问作者mharinga