Snakemake运行无报错不执行Bowtie规则，dryrun提示Nothing to be done

• 核心问题1：Bowtie规则被注释禁用
  你提供的代码中#rule Bowtie: 行前带有#注释符，整个Bowtie规则被Snakemake忽略，自然无法触发对应任务，首先删除该行前的#即可启用规则。
• 核心问题2：输入文件通配符不匹配
  你通过glob_wildcards获取样本名时，匹配的是{sample}_{number, [1,2]}.{FILE_FORMAT}格式的双端测序文件，说明你的原始文件命名为样本名_1.后缀、样本名_2.后缀，但Bowtie规则中定义的R1、R2输入路径为INPUTDIR + "{sample}.fastq"，缺少了_{number}后缀，Snakemake找不到对应输入文件，因此判定无法生成输出任务。
• 核心问题3：Bowtie索引路径配置错误
  你已经单独定义了DATABASEPATH变量存储Bowtie数据库路径，但Bowtie规则的索引输入路径写为INPUTDIR + "/Bowtie_Database/{{bowtie_ref}}{ending}"，和你预设的数据库路径不匹配，会导致索引查找失败。
• 其他可优化点
  当前Bowtie规则中R1、R2输入路径完全相同，没有区分双端的_1和_2文件，即使规则启用也会出现比对错误；shell命令中没有调用你配置的threads参数，会导致线程配置不生效。

修正后Bowtie规则参考 #

#mapping on ref. genome with Bowtie2
rule Bowtie:
    params:
        threads = config["threads"]
    conda:
        "envs/fastqc.yml" # 若bowtie2不在该环境下，替换为对应环境配置文件路径
    input:
        expand(DATABASEPATH + "/{{bowtie_ref}}{ending}", ending=[".1.bt2",".2.bt2",".3.bt2",".4.bt2",".rev.1.bt2",".rev.2.bt2"]),
        R1 = INPUTDIR + "/{sample}_1." + FILE_FORMAT,
        R2 = INPUTDIR + "/{sample}_2." + FILE_FORMAT
    output:
        OUTPUTDIR + "/Bowtie/{bowtie_ref}_{sample}.sam"
    message:
        "Alignment with Bowtie2 this will take a while"
    shell:
        "bowtie2 -x {DATABASEPATH}/{wildcards.bowtie_ref} -1 {input.R1} -2 {input.R2} -S {output} --threads {params.threads}"

验证方法 #

修正完成后运行snakemake --dryrun -R Bowtie强制检查Bowtie相关任务链，确认是否正常生成任务。如果仍提示无任务可执行，可运行snakemake --debug-dag打印DAG构建日志，定位具体的通配符匹配失败节点。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者DarkDromeda