如何使用grid.arrange将自定义图例插入系统发育树中心位置

解决方案 #

grid.arrange默认按行列排列元素，要实现图层叠加、自定义图例位置，可以结合annotation_custom指定坐标范围实现，具体操作如下：

1. 先准备系统发育树的grob对象：
   • 若你用ggtree绘制发育树，直接用ggplotGrob(你的绘图对象)转成grob即可
   • 若你直接读取已有图片，用png::readPNG读取图片后转成rasterGrob
2. 用你已经提取好的图例grob对象legend，配合grid.arrange叠加即可
   完整示例代码：

# 提前加载依赖包
library(ggplot2)
library(dplyr)
library(ggpubr)
library(gridExtra)
library(grid)
library(png)

# ---------- 以下为你已完成的图例生成代码 ----------
df <- data.frame(name = c("ANA-GRADE", "ASTERIDS","BASAL EUDICOTS", "BASAL SUPERASTERIDS",
                          "CHOLORANTHALES", "MAGNOLIIDS", "MONOCOTS","ROSIDS",
                          "ANA-GRADE", "ASTERIDS","BASAL EUDICOTS", "BASAL SUPERASTERIDS",
                          "CHOLORANTHALES", "MAGNOLIIDS", "MONOCOTS","ROSIDS"),
                 colour = c("#EFF13A", "#428d34", "#84cf70", "#62a852", "#CDD100", 
                            "#8B5742", "#EEAD0E", "#2d7a21", "#EFF13A", "#428d34", 
                            "#84cf70", "#62a852", "#CDD100", "#8B5742", "#EEAD0E", "#2d7a21"),
                 x1 = runif(16, 5,100),
                 y1 = runif(16, 20,50))

fake <- df %>% ggplot(aes(x1,y1, colour = name)) +
  geom_line(size = 1) +
  scale_colour_manual(values = c("#EFF13A", "#428d34", "#84cf70", "#62a852", "#CDD100", 
                       "#8B5742", "#EEAD0E", "#2d7a21"),
                      name = "Major clade") +
  theme_bw() +
  theme(legend.title = element_text(face = "bold",size = 12))

legend <- get_legend(fake)
# ---------- 以上为你已完成的图例生成代码 ----------

# 读取系统发育树转grob（如果是ggtree绘图，替换为 tree_grob <- ggplotGrob(你的ggtree对象)）
tree_img <- readPNG("你的系统发育树本地路径.png") 
tree_grob <- rasterGrob(tree_img, width = unit(1, "npc"), height = unit(1, "npc"))

# 叠加图层，自定义图例位置
grid.arrange(
  tree_grob,
  annotation_custom(
    grob = legend,
    xmin = 0.4, xmax = 0.6, # 水平位置：0为最左，1为最右，此处中心为0.5即水平居中
    ymin = 0.4, ymax = 0.6  # 垂直位置：0为最下，1为最上，此处中心为0.5即垂直居中
  )
)

参数调整说明：

• 调整xmin/xmax可修改图例的水平位置和宽度，数值范围为0~1
• 调整ymin/ymax可修改图例的垂直位置和高度，数值范围为0~1
• 若要让图例完全居中，只要保证(xmin+xmax)/2=0.5、(ymin+ymax)/2=0.5即可，数值差越大，图例尺寸越大。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Anh