如何使用R的marray库上传4个GSE12050_GSM304448.gpr微阵列文件？

• 安装并加载marray包

# 首次使用需先安装依赖包，已安装可跳过该步骤
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("marray")

# 加载marray包
library(marray)

• 批量导入4个GenePix格式文件

请先将所有.gpr格式的微阵列文件放到R当前工作目录下，再替换下方示例文件名为你实际的文件名

# 定义4个目标文件的文件名
gpr_file_list <- c("样本1.gpr", "样本2.gpr", "样本3.gpr", "样本4.gpr")
# 批量读取文件生成marrayRaw格式对象
raw_array_data <- read.GenePix(fnames = gpr_file_list, path = getwd())

• 提取Cy5、Cy3通道的前景、背景中位数数值

# 提取Cy5（红通道）前景中位数
cy5_foreground_med <- maRf(raw_array_data)
# 提取Cy5（红通道）背景中位数
cy5_background_med <- maRb(raw_array_data)
# 提取Cy3（绿通道）前景中位数
cy3_foreground_med <- maGf(raw_array_data)
# 提取Cy3（绿通道）背景中位数
cy3_background_med <- maGb(raw_array_data)

• 可选：导出提取到的数值为CSV文件

write.csv(cy5_foreground_med, "Cy5前景中位数.csv", row.names = FALSE)
write.csv(cy5_background_med, "Cy5背景中位数.csv", row.names = FALSE)
write.csv(cy3_foreground_med, "Cy3前景中位数.csv", row.names = FALSE)
write.csv(cy3_background_med, "Cy3背景中位数.csv", row.names = FALSE)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Irina Valsova