R语言使用gt包生成Tukey事后检验表格时分组名称不显示问题

问题原因 #

TukeyHSD返回的分组对比标识默认存储为结果数据框的行名，gt包默认不渲染行名内容，因此生成的表格会缺失岛屿两两对比的分组信息。

修正代码 #

# 执行Tukey事后检验
Tuk_anova1 <- TukeyHSD(AnovaModel.1)
# 提取岛屿分组的检验结果转为数据框
TK <- as.data.frame(Tuk_anova1$Island)
# 将存储分组信息的行名转为独立的表格列，base R写法
TK$岛屿对比 <- rownames(TK)
# 可选tidyverse写法：TK <- tibble::rownames_to_column(TK, var = "岛屿对比")

# 生成gt表格，调整分组列到最前适配阅读习惯
gt_tbl <- gt(TK) |> 
  cols_move_to_start(columns = 岛屿对比) |> 
  # 可选：替换列名为中文，适配国内学术使用场景
  cols_label(
    diff = "组间差值",
    lwr = "95%置信区间下限",
    upr = "95%置信区间上限",
    `p adj` = "校正后P值"
  )

gt_tbl

可选优化：添加显著性标记 #

如果需要自动生成显著性标识，可在生成表格前新增如下步骤：

library(dplyr)
TK <- TK |> 
  mutate(显著性 = case_when(
    `p adj` < 0.001 ~ "***",
    `p adj` < 0.01 ~ "**",
    `p adj` < 0.05 ~ "*",
    TRUE = "ns"
  ))

完成后再调用gt函数即可生成带显著性标记的表格。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者nibi