R语言ggplot的geom_sf调用facet_wrap时多边形不全及出现NA分面问题

问题原因 #

1. 最初代码使用na.omit过滤了所有含缺失值的行，每个nome_popular（物种俗名）分组仅保留了有爬行动物记录的区域，因此分面中其余区域的多边形被省略。
2. 修改后新增了全区域底图，但合并后的数据集中存在nome_popular为NA的无效行，facet_wrap会为这些无效行单独生成NA分面。

解决方案 #

通过补全所有物种和区域的对应关系，确保每个物种分面都包含全部7个区域，同时过滤无效的NA数据即可解决问题，完整代码如下：

library(tidyverse)
library(sf)
library(readxl)

# 读取爬行动物数据
serpentes <- read_excel("E:/22-serpentes_cg/R/serpentes_cg_finall.xlsx")

# 统计各区域对应物种的记录总数
total_especies <- serpentes %>%
  rename(regiao_cg = REGIAO_CG) %>%
  group_by(especie, nome_popular, regiao_cg) %>%
  summarise(Total_esp = sum(quant), .groups = "drop")

# 读取区域shapefile
regiao <- sf::st_read("E:/22-serpentes_cg/geo/regioes_urbanas.shp") %>%
  rename(regiao_cg = REGIAO_CG)

# 补全所有物种与区域的组合，无记录的物种-区域组合默认填充数量为0
total_especies_complete <- total_especies %>%
  complete(nome_popular, regiao_cg, fill = list(Total_esp = 0))

# 关联空间数据与物种统计数据
total_especies_shp <- dplyr::left_join(regiao, total_especies_complete, by = "regiao_cg")

# 绘制分面地图
p_total_especies_shp <- ggplot(total_especies_shp %>% filter(!is.na(nome_popular))) +
  # 绘制全区域灰色底图
  geom_sf(data = regiao, fill = "grey90", color = "white") +
  # 绘制对应物种的区域数量填充
  geom_sf(aes(fill = factor(Total_esp)), color = "white") +
  scale_fill_brewer(
    palette = "Spectral", na.value = "grey", direction = -1,
    name = "Total de\nSepertens Regatadas"
  ) +
  facet_wrap(~nome_popular)

p_total_especies_shp

核心修改说明 #

• complete函数会生成所有nome_popular和regiao_cg的组合，确保每个物种对应的分组都包含全部7个区域，无记录的区域会自动填充为设定的默认值
• 绘图前过滤nome_popular不为NA的行，直接移除多余的NA分面
• 新增全区域浅灰色底图，与有记录区域的着色形成清晰区分，视觉效果更统一

内容的提问来源于stack exchange，提问作者wesleysc352