Ubuntu20.04下conda python3.6环境安装R的XML包失败如何解决

问题1：两行检查内容的具体含义 #

• checking for xmlParseFile in -lxml2... no是XML包的编译配置脚本在检测当前环境的libxml2动态库（Linux下后缀为.so的库文件，-lxml2是链接器指定加载libxml2库的写法）是否包含xmlParseFile这个核心API函数，返回no代表未检测到符合要求的libxml2库。
• checking for xmlParseFile in -lxml... no是上一步检测失败后，脚本尝试检测旧版本的libxml库是否提供该函数，依然检测失败才会抛出libxml not found的错误。
  你之前用apt安装系统级libxml2-dev无效的原因是：你使用了独立的conda环境，R的编译配置默认优先读取conda环境内的头文件、库文件路径，不会读取系统/usr目录下apt安装的依赖文件。

问题2：提高R包安装调试日志级别的方法 #

• 直接使用install.packages安装时，添加verbose和保留日志的参数即可：

  install.packages("XML", verbose = TRUE, keep_outputs = TRUE)
  

  verbose=TRUE会把编译全流程的细节打印到控制台，keep_outputs=TRUE会把所有日志输出保存到当前工作目录下的XML.Rout文件中，方便后续排查。
• 手动编译R包时，可以进入解压后的包源码目录，运行配置脚本时添加--debug参数，输出每一步检测的路径、报错的具体原因：

  ./configure --debug
  

问题3：conda环境下编译安装XML包的步骤 #

优先推荐conda直接安装预编译的R包，可避开编译问题，同时后续安装DESeq2也更方便：

1. 激活目标conda环境：

   conda activate py36_test
   

2. 安装conda源的XML包：

   conda install -c conda-forge -c bioconda r-xml
   

3. 可直接安装DESeq2，无需单独处理依赖：

   conda install -c bioconda bioconductor-deseq2
   

如果需要手动编译安装，按以下步骤操作：

1. 先在conda环境内安装编译所需依赖：

   conda activate py36_test
   conda install -c conda-forge libxml2 libxslt gcc make
   

2. 从CRAN官网下载对应版本的XML源码包（tar.gz格式），解压后进入源码目录：

   tar -zxvf XML_*.tar.gz
   cd XML
   

3. 指定conda环境内的xml2-config路径运行配置脚本（路径可参考你报错日志里的xml2-config地址）：

   ./configure --with-xml2-config=/mnt/data/miniconda_python3/miniconda3/envs/py36_test/bin/xml2-config
   

4. 编译并安装：

   make
   make install
   

安装完成后进入R执行library(XML)即可验证是否安装成功。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者jamespa