Ubuntu20.04 Anaconda环境安装PyRosetta报错No module named 'pyrosetta.rosetta'

第一步：彻底清理旧版本残留 #

• 激活目标虚拟环境：conda activate BioCom
• 卸载所有已安装的pyrosetta版本：

  pip uninstall pyrosetta -y
  conda remove pyrosetta -y
  

• 手动删除残留文件：

  rm -rf /home/user/anaconda3/envs/BioCom/lib/python3.7/site-packages/pyrosetta*
  

• 验证清理结果：执行pip list | grep pyrosetta，无输出即为清理完成。

第二步：重新执行安装操作 #

• 确认当前Python为虚拟环境内版本：执行which python，输出应为/home/user/anaconda3/envs/BioCom/bin/python，同时python --version确认版本为3.7.11。
• 不要使用Rosetta源码包自带的pyrosetta目录安装，进入你下载的官方预编译包PyRosetta4.MinSizeRel.python37.ubuntu.release-299主目录，执行安装命令：

  python setup/setup.py install
  

• 安装完成后检查site-packages目录，确认存在pyrosetta.rosetta相关的子目录或.so二进制文件。

第三步：验证安装结果 #

重新打开终端激活虚拟环境，执行如下代码验证：

import pyrosetta
pyrosetta.init()

无报错即为安装成功。

补充说明 #

如果需要使用从Rosetta源码编译的PyRosetta，需要在编译Rosetta时单独指定PyRosetta的编译目标，仅编译Rosetta主程序不会生成PyRosetta所需的rosetta绑定模块，这也是从Rosetta源码目录下pyrosetta文件夹安装后缺失模块的核心原因。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Chiara