MacOS Mojave系统下Cytoscape 3.9.0启动失败提示Java不可达求助

原因说明 #

Cytoscape 3.9.0仅适配Java 11版本，你设备上同时存在JDK 12会干扰Java版本识别，是最核心的故障诱因，按以下步骤操作即可解决： #

操作步骤 #

• 第一步：指定Cytoscape专属Java路径
  打开访达，进入应用程序目录找到Cytoscape 3.9.0，右键选择「显示包内容」，依次进入Contents/目录，找到vmoptions.txt文件打开，在第一行新增配置：

  -vm /Library/Java/JavaVirtualMachines/adoptopenjdk-11.jdk/Contents/Home/bin/java
  

  注意替换路径为你本地JDK 11的实际存储路径，不要使用JDK 12的路径。
• 第二步：修正系统默认Java版本
  打开终端执行以下命令查看所有已安装JDK：

  /usr/libexec/java_home -V
  

  复制输出的JDK 11对应的路径，再打开你当前shell的配置文件（bash对应~/.bash_profile，zsh对应~/.zshrc），新增以下配置：

  export JAVA_HOME=刚才复制的JDK11路径
  export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH
  

  保存后执行source 对应配置文件路径使配置生效，执行java -version确认返回的版本号为11.x.x即配置成功。
• 第三步：清除旧配置缓存
  打开用户目录下的CytoscapeConfiguration文件夹，删除其中的karaf子文件夹，再找到cytoscape.properties文件，删除所有自定义的Java路径相关配置后保存。
• 第四步：确认系统权限放行
  打开系统偏好设置-安全性与隐私-通用面板，查看是否有Cytoscape、AdoptOpenJDK相关的阻止提示，点击「允许」后重启Cytoscape即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者calgator1317