如何从带自定义Github workflow的Fork发起不包含.github/workflows修改的PR

你不需要单独拉取或重置上游版本的.github文件夹，最简稳妥的方案流程如下：

• 工作流初始化阶段添加上游官方Bioconda-Recipes仓库为远程源，拉取上游最新代码

git remote add upstream https://github.com/bioconda/bioconda-recipes.git
git fetch upstream

• 直接基于上游的默认分支新建干净的功能分支，该分支从创建开始就完全不包含你Fork仓库内.github目录的自定义修改

# 替换<新版本号>为实际检测到的Nextclade最新版本号
git checkout -b update-nextclade-<新版本号> upstream/master

• 在新分支中修改Nextclade对应的recipe文件，更新version版本号和sha校验和后，仅提交该recipe目录的修改

git add recipes/nextclade/*
git commit -m "Update nextclade to v<新版本号>"

• 将该功能分支推送到你的Fork仓库后，向上游发起PR时，基准分支选择上游bioconda-recipes的默认分支，对比分支选择刚推送的功能分支即可，PR中只会包含Nextclade recipe的修改内容，不会携带任何无关的.github目录修改。

如果你的工作流逻辑必须基于Fork仓库的默认分支运行，也可以在提交修改时只add Nextclade的recipe目录，不提交.github目录的修改即可，但该方案存在误提交自定义配置的风险，更推荐上述干净分支方案。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Cornelius Roemer