R语言FactoExtra包fviz_pca双分组映射与图例自定义方法

报错原因 #

你遇到的报错是因为fviz_pca_biplot的pointshape参数仅支持传入单个值设置统一的散点形状，不支持直接传入分组向量做美学映射，因此触发了长度不匹配的错误。

解决代码 #

你可以通过内置参数直接映射分组，再搭配ggplot的图例修改功能实现需求，完整可运行代码如下：

library(factoextra)
library(FactoMineR)

# 计算PCA
res.pca <- PCA(Iris[,1:4], graph = F)

# 绘制双标图，同时映射颜色和形状
fviz_pca_biplot(res.pca,
                # 个体点配置
                geom.ind = "point",
                col.ind = Iris$Species, # 颜色映射到Species变量
                shape.ind = Iris$Site, # 形状映射到Site变量
                # 变量箭头配置
                col.var = "steelblue") +
  # 自定义两个图例的标题
  labs(color = "color", shape = "shape")

如果你的factoextra版本较低，shape.ind参数不生效，可以使用手动修改ggplot图层的兼容方案：

library(factoextra)
library(FactoMineR)
library(ggplot2)

res.pca <- PCA(Iris[,1:4], graph = F)

# 先绘制基础的颜色映射图
p <- fviz_pca_biplot(res.pca,
                geom.ind = "point",
                col.ind = Iris$Species,
                col.var = "steelblue")

# 移除默认的固定形状参数，新增形状映射
p$layers[[1]]$aes_params$shape <- NULL
p <- p + aes(shape = Iris$Site) +
  labs(color = "color", shape = "shape")

print(p)

以上两种方案都可以实现散点颜色映射物种、形状映射Site，同时自定义图例标题的需求。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Jellz