如何在ggplot2中设置因子顺序和自定义颜色，解决scale_fill_manual打乱顺序问题

问题根源 #

你的代码执行顺序有误：预先创建my_scale时，还没有修改Behaviour列为自定义顺序的因子，此时颜色向量绑定的是原始数据默认的字母序分类水平，后续修改因子列顺序不会同步更新提前定义好的my_scale，就会出现顺序被覆盖的问题。
另外你给颜色向量命名的代码存在重复拼接的冗余逻辑，可直接简化。

修正后代码 #

# 优先调整Behaviour列为自定义顺序因子
behavssec$Behaviour <- factor(behavssec$Behaviour, levels = c(
  "Burst","High energy swimming", "Medium energy swimming", 
  "Low energy swimming", "Travel", "Ascending", "Descending"
))

# 再根据调整后的因子水平给自定义颜色命名
my_colors <- c("#1b9e77", "#d95f02", "#66A628", "#E81E89", "#7570b3", "#FFC000", "#0E85F2")
names(my_colors) <- levels(behavssec$Behaviour)
my_scale <- scale_fill_manual(name = "Behaviour", values = my_colors)

# 绘图
ggplot(behavssec, aes(fill=Behaviour, y=n, x= SharkID)) +
  geom_col(position = position_dodge2(width = 0.9, preserve = "single")) +
  theme_classic() + 
  my_scale +
  theme(
    axis.text.x = element_text(size = 12),
    axis.text.y = element_text(size = 16)
  ) +
  labs(x= "SharkID", y= "Time (second)")

运行后即可同时保留自定义因子顺序和自定义配色。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Sharklady