如何在基于bookdown的R Markdown文档中添加多个目录？

第一步：配置全文总目录 #

首先在项目根目录的_output.yml中开启全局目录配置，即可生成覆盖全文的总目录，默认会渲染在文档开头位置。示例配置如下：

# 以gitbook(HTML)输出为例
bookdown::gitbook:
  toc: true
  toc_depth: 3 # 可自定义目录展示的章节深度
# 若使用PDF输出，配置逻辑一致
bookdown::pdf_book:
  toc: true
  toc_depth: 3

第二步：生成末尾附录专属目录 #

首先将所有附录章节统一放在# (APPENDIX) 附录 {-}标记之后，bookdown会自动为所有附录章节打上专属标识，方便筛选。根据输出格式选择对应实现方案：

• HTML格式输出
  在文档末尾需要放置附录目录的位置，插入如下带results='asis'属性的R代码块，即可动态生成仅包含附录内容的目录：

# 筛选所有附录章节
all_chaps <- bookdown:::get_chapters()
appendix_list <- all_chaps[grepl("^appendix-", names(all_chaps))]
# 输出附录目录结构
cat("## 附录目录\n")
for (idx in seq_along(appendix_list)) {
  chap_title <- appendix_list[[idx]]$title
  chap_href <- paste0("#", names(appendix_list)[idx])
  cat(sprintf("- [%s](%s)\n", chap_title, chap_href))
}

• PDF格式输出
  首先在项目的LaTeX前置文件preamble.tex中引入局部目录依赖包：

\usepackage{etoc}

之后在文档末尾需要放置附录目录的位置，插入如下LaTeX代码即可：

% 生成附录专属局部目录
\etocsettocstyle{\section*{附录目录}}{}
\etocsetnexttocdepth{3} % 和全局目录深度保持一致即可，可自定义
\localtableofcontents
\etocreset % 重置toc配置，避免影响后续内容

内容的提问来源于stack exchange，提问作者marin343