Unix环境下使用awk/sed替换文件第6列非1/2值为-9的问题处理

错误原因 #

• 手动拼接每个字段的写法容错性极低，当部分行第六列默认缺失（值为空）时，极易出现分隔符丢失的问题，你遇到的字段粘连就是手动拼接时的空格逻辑异常导致的。
• 完全不需要手动拼所有字段，直接修改指定字段后打印整行即可，awk会自动用默认的空格作为输出分隔符拼接所有字段。

正确实现命令 #

直接运行以下命令即可得到符合要求的new.fam：

awk '{$6 = ($6 == 1 || $6 == 2) ? $6 : -9}1' old.fam > new.fam

命令解释 #

1. 核心逻辑：对每一行的第六列做判断，如果值为1或2则保留原值，否则赋值为-9
2. 末尾的1是awk的简写规则，等价于{print $0}，即打印修改后的整行
3. awk会自动处理输出字段的空格分隔，不管原行第六列是否存在，都会保证第五、第六列之间有空格分隔，不会出现粘连问题

如果偏好if else写法，修改为以下格式也可以正常运行：

awk '{ if ($6==1 || $6==2) {print $0} else {$6=-9; print $0} }' old.fam > new.fam

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Aryh