ggplot绘制PCA图时geom_text的aes内外参数设置差异问题

ggplot2的美学映射核心逻辑：所有需要和数据行一一对应、从数据变量中取值的图形属性，必须放在aes()内部；所有全局固定、不随数据变化的图形参数，必须放在aes()外部。

1. label参数的放置规则 #

你需要给每个样本点匹配对应Samples列的文本标签，属于数据变量到图形属性的映射，和数据行一一对应，因此必须放在aes()内部。
注意不要写label = pca.data$Samples，直接写列名label = Samples即可，因为你已经在ggplot()的data参数指定了数据集，ggplot会自动在数据集内检索对应列，用$手动提取向量反而容易在数据筛选、分组操作时出现索引错位的问题。

2. size参数的放置规则 #

你需要所有文本标签统一使用字号4，属于全局固定参数，不需要和数据变量绑定，因此必须放在aes()外部。
你之前把size=4放在aes()内部时，ggplot会将4识别为一个分类变量做大小映射，不仅会生成多余的size图例，实际渲染的文本大小也不是你想要的固定值4，这就是两种写法效果差异的核心原因。

3. 正确写法示例 #

ggplot(data = pca.data, aes(x=X, y=Y, color = condition))+
    geom_point(size = 3)+
    geom_text(aes(label = Samples), size = 4, nudge_y = 50000) # 加nudge_y参数可避免文本和点重叠

补充说明 #

如果直接把label = pca.data$Samples放在aes()外部，在当前未做数据分组/筛选的场景下虽然可能勉强运行，但完全不符合ggplot的语法规范，一旦后续对数据集做切片、分面等操作，就会出现标签和点不匹配的错位问题，非常不推荐这种写法。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user3138373