Cytoscape 2.8.2搭配Java 17在Ubuntu 20.04启动报错如何解决？

报错核心原因 #

Cytoscape 2.8.2为2011年发布的 legacy 版本，仅兼容Java 5/6运行环境。Java 9及后续版本移除了该版本依赖的大量J2EE公共类、Sun专有API，同时引入了Java模块化机制，完全无法兼容Java 17运行，这是启动失败的根本原因。

最优解决步骤 #

1. 安装免依赖的兼容Java 6运行环境 #

由于Ubuntu 20.04官方源已移除OpenJDK 6，可使用Azul Zulu发行的预编译OpenJDK 6二进制包，无需额外适配依赖即可直接运行：

• 自行搜索获取Zulu 6版本的x64 Linux二进制压缩包，版本为JDK 6系列即可
• 执行以下命令解压配置：

# 创建JDK存放目录
sudo mkdir -p /usr/lib/jvm/zulu6
# 解压下载的压缩包到目标目录，替换下方压缩包名为你下载的实际文件名
sudo tar -xzf 你下载的Zulu6压缩包文件名.tar.gz -C /usr/lib/jvm/zulu6 --strip-components 1
# 验证安装成功
/usr/lib/jvm/zulu6/bin/java -version

输出包含openjdk version "1.6.0"字样即为安装正常。

2. 修改Cytoscape启动脚本指定Java路径 #

编辑Cytoscape 2.8.2目录下的cytoscape.sh文件，在脚本开头插入以下内容指定Java路径：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/zulu6
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH

保存后重新执行启动命令即可：

chmod a+x cytoscape.sh
./cytoscape.sh

注：不建议尝试修改Cytoscape 2.8.2源码适配高版本Java，改造成本远高于安装兼容运行环境。

备选方案 #

若不想在当前系统安装老版本JDK，可通过VMware安装Ubuntu 12.04虚拟机，该版本官方源自带OpenJDK 6，直接执行sudo apt install openjdk-6-jre即可完成环境配置，再安装运行Cytoscape 2.8.2。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Mema Stamataki