R语言使用ggplot绘制dotplot时出现双点问题如何修复

问题原因 #

你在代码中同时使用geom_dotplot()的内置y轴分箱堆叠逻辑和position_jitter()的高度偏移参数，二者产生冲突：geom_dotplot()会先根据binwidth参数对y轴的Length数值做分箱，自动排列同个分箱内的点位置。额外添加的position_jitter(height = 0.2)会让边缘分箱的点在y轴方向偏移，落到相邻分箱的判定范围内，被识别为两个分箱的点重复绘制，最终表现为边缘偏大的双点。

可选用的修复方案 #

• 方案1：移除position_jitter参数，保留geom_dotplot原生堆叠效果，彻底解决分箱冲突
  修正后代码：

  ggplot(AM138_141, aes(x=Worm_Names, y=Length))+ 
    geom_boxplot()+
    geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "center", stackratio = 1, dotsize = 1, binwidth = 1) +
    theme_classic()
  

• 方案2：如果需要保留横向抖动避免点堆叠过密，仅将position_jitter的height参数设为0，关闭y轴方向的偏移，避免跨分箱重复判定
  修正后代码：

  ggplot(AM138_141, aes(x=Worm_Names, y=Length))+ 
    geom_boxplot()+
    geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "center", stackratio = 1, dotsize = 1, position = position_jitter(width = 0.2, height = 0), binwidth = 1) +
    theme_classic()
  

• 方案3：如果需要更自然的点分散效果，改用ggbeeswarm包的geom_beeswarm()，该函数自带点分散逻辑，不会出现分箱重复绘制问题
  先安装依赖包：install.packages("ggbeeswarm")
  修正后代码：

  library(ggbeeswarm)
  ggplot(AM138_141, aes(x=Worm_Names, y=Length))+ 
    geom_boxplot(width = 0.5)+
    geom_beeswarm(cex = 2, size = 1) +
    theme_classic()
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Lina Kanyavskaya