使用Shell遍历子目录执行操作时无法匹配R1.fastq文件问题求助

• 条件判断逻辑错误：你脚本中if [ -d "${i}" ]里的-d参数作用是判断指定路径是否为目录，但你要处理的是后缀为R1.fastq的普通文件，就算匹配到了符合命名规则的文件，这个判断也会返回假，直接跳过后续执行逻辑。如果要判断目标为普通文件，应该把-d改为-f。
• 通配符匹配范围有限：你使用的./*/*R1.fastq只能匹配当前目录下一级子目录里的目标文件，如果你的R1.fastq文件存放在二级及更深的子目录中，这个通配符规则无法匹配到对应文件。如果需要递归匹配所有层级子目录，可开启bash的globstar选项后使用./**/*R1.fastq匹配，或者直接使用find命令检索文件。
• 未开启nullglob选项导致空匹配无反馈：bash默认配置下如果通配符没有匹配到任何文件，会把通配符字符串本身（也就是./*/*R1.fastq这个字符串）赋值给循环变量i，此时判断该字符串对应路径是否为目录必然返回假，也不会有任何执行输出。你可以在脚本开头添加shopt -s nullglob，让通配符匹配不到文件时直接展开为空，循环就不会执行。

以下是修正后的参考脚本：

# 开启nullglob避免空匹配问题
shopt -s nullglob
# 如果需要递归所有子目录，可取消注释以下两行开启globstar，替换循环的匹配规则
# shopt -s globstar
# for i in ./**/*R1.fastq;
for i in ./*/*R1.fastq;
do
    # 改为判断是普通文件
    if [ -f "${i}" ]; then
        echo "${i}" 
        # 变量加引号避免文件名含空格时报错
        python2.7 demultadapt.py -f "$i" -p Demul-01-R1 FILE_ADAPT
    fi
done

内容的提问来源于stack exchange，提问作者jaktykusuma