Social network analysis相关NetworkX代码报Graph无_node属性错误如何解决

问题根因 #

该报错核心原因是pickle序列化文件的生成环境与当前运行环境的NetworkX版本不兼容。NetworkX 3.0及以上版本对内部数据结构做了重构，废弃了旧版本中Graph对象的_node私有属性，因此读取2.x版本生成的gpickle文件时就会触发该属性错误。

排查步骤 #

• 执行代码import networkx as nx; print(nx.__version__)确认当前运行环境的NetworkX版本，若版本号≥3.0则基本可确认是版本不兼容问题
• 确认待读取的Synthetic Social Network (2).pkl生成时使用的NetworkX版本，若生成版本为2.x系列即可完全定位问题

解决方案 #

方案1：降级当前环境的NetworkX版本 #

直接将当前环境的NetworkX版本降级到和pkl生成环境一致的2.x版本即可，示例安装命令（以2.8.8版本为例，可替换为实际生成端对应的版本号）：

pip install networkx==2.8.8

降级完成后重新运行原有代码即可正常执行。

方案2：使用跨版本兼容的格式重新导入导出 #

如果不希望降级当前环境的NetworkX版本，可以选择通用图格式替代gpickle做数据传输：

1. 若可联系到pkl文件提供者，让其在生成环境中用以下代码导出为通用格式：

# 导出为GML格式，跨版本兼容性强
nx.write_gml(social, "social_network.gml")

2. 你在当前环境中直接读取GML文件即可：

social = nx.read_gml("social_network.gml")
plt.figure(figsize=(10,7))
nx.draw_networkx(social,node_color="cyan",node_size=700, with_labels=True)

方案3：通过节点边列表重构图对象 #

如果无法获取生成端的导出文件，也可以临时搭建一个NetworkX 2.x版本的环境读取pkl后，导出节点与边的属性列表，再到当前环境重构图：

• 2.x环境导出代码：

import json
social=nx.read_gpickle('Synthetic Social Network (2).pkl')
# 导出节点属性
with open("nodes_attr.json","w") as f:
    json.dump(dict(social.nodes(data=True)), f)
# 导出边属性
nx.write_edgelist(social, "edges_list.csv", data=True)

• 当前3.x环境重构代码：

import json
import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

social = nx.Graph()
# 加载节点
with open("nodes_attr.json","r") as f:
    nodes = json.load(f)
social.add_nodes_from((k, v) for k, v in nodes.items())
# 加载边
social = nx.read_edgelist("edges_list.csv", data=True)
# 绘图
plt.figure(figsize=(10,7))
nx.draw_networkx(social,node_color="cyan",node_size=700, with_labels=True)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Kaya