如何在Git中合并非Git源上游项目更新并保留本地自定义修改？

标准化上游跟踪方案 #

你原本的思路核心是完全正确的，属于上游无Git仓库场景下的标准实践，只需调整少量操作步骤让流程更严谨，全程只用Git原生功能，无需依赖外部工具或构建脚本。

初始配置步骤 #

• 先切换到主分支，提交所有未完成的修改，保证工作区干净
• 创建孤立的upstream孤儿分支：
  git checkout --orphan upstream
• 清空工作区所有现有文件，避免本地修改混入上游分支：
  git rm -rf .
• 将未做任何本地修改的原版上游头文件复制到工作区，提交并标注对应上游版本号：

  git add xxx.h
  git commit -m "upstream: 导入vX.X 版本原版头文件"
  

• 切回主分支执行合并，首次合并需要加--allow-unrelated-histories参数，该操作属于Git原生支持的合法操作，不属于不规范用法：
  git merge upstream --no-commit
• 此时Git会提示文件冲突，直接用主分支中已带本地修改的版本覆盖冲突文件后提交即可：

  git checkout --ours xxx.h
  git commit -m "合并上游vX.X版本，保留本地修改"
  

后续上游版本更新操作 #

每次上游发布新版本后，只需执行以下步骤即可完成合并，全程自动保留本地修改，有冲突时按正常Git冲突流程处理即可：

• 切换到upstream分支
• 清空工作区，放入新下载的上游新版头文件后提交：

  git rm -rf .
  # 将新下载的xxx.h复制到当前工作区
  git add xxx.h
  git commit -m "upstream: 更新到vY.Y版本"
  

• 切回主分支直接合并，无需再添加额外参数：
  git merge upstream
• 若存在冲突，解决冲突后正常提交即可，Git会自动完成三路合并，不会丢失本地修改

方案说明 #

该流程完全符合Git的分支设计逻辑，首次合并添加--allow-unrelated-histories仅用于打通两个独立分支的关联，后续合并时两个分支已经存在公共祖先节点，和普通功能分支合并逻辑完全一致，所有上游版本变更、本地修改、合并记录都会完整保存在Git历史中，完全满足你的使用需求。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Chris