Snakemake运行bcftools_call规则报错但同命令CLI可正常执行

• 输出父目录不存在：你手动执行CLI命令前大概率已经创建了calls目录，但Snakemake不会自动生成输出文件的父目录，直接向不存在的目录写入文件会返回非零退出码。你可以在规则的shell命令开头添加mkdir -p calls，或者将calls目录声明为规则的目录类型输入/输出即可解决。
• 运行环境不匹配：Snakemake执行命令时的环境和你当前交互式终端的环境相互隔离，环境变量可能完全不同：
  • 如果你通过conda安装bcftools，当前终端已经激活了对应环境，但运行Snakemake时没有添加--use-conda参数，也没有在规则中通过conda配置块指定依赖环境，Snakemake会调用系统默认路径下的bcftools（可能不存在或者版本不兼容）。
  • 你可以在规则的shell块开头临时添加which bcftools，对比Snakemake日志输出的bcftools路径和你在终端执行which bcftools返回的路径是否一致，就能验证该问题。
• 相对路径解析错误：Snakemake默认在Snakefile所在目录执行命令，如果你是在其他目录下启动Snakemake且没有指定--directory参数，会导致规则中写的相对路径无法匹配到真实的输入文件（参考基因组、bam文件等），触发运行错误。
• 权限差异：如果Snakemake是通过其他用户、定时任务等方式启动，进程的读写权限和你当前终端用户的权限不一致，会导致无法读取输入文件或者写入输出文件。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者biological-sprout