使用spatialLIBD R包下载10x Visium人类DLPFC空间转录组数据报错

核心问题是网络环境无法正常连接Dropbox服务器导致资源下载超时，同时BiocFileCache已经缓存了本次失败的资源记录，重复调用下载命令也会触发冲突报错。

方案1：清理缓存后使用国内镜像下载 #

• 先删除BiocFileCache中残留的失败资源记录，运行如下代码：

library(BiocFileCache)
bfc <- BiocFileCache()
# 匹配对应失败资源的记录ID并删除
rid <- bfcquery(bfc, "Human_DLPFC_Visium_processedData_sce_scran_spatialLIBD")$rid
if(length(rid) > 0) bfcremove(bfc, rid)

• 设置Bioconductor国内镜像后重新调用下载接口：

# 设置腾讯云Bioconductor镜像，也可替换为其他可用的国内镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.tencent.com/bioconductor/")
# 调用fetch_data时指定通过ExperimentHub拉取资源
library(spatialLIBD)
sce <- fetch_data(type = 'sce', eh = ExperimentHub::ExperimentHub())

方案2：手动加载本地文件 #

如果镜像下载仍然失败，可以先通过其他渠道获取对应Rdata文件，存到本地路径后直接加载：

# 替换为你本地存放Rdata文件的实际路径
load("/your/local/path/Human_DLPFC_Visium_processedData_sce_scran_spatialLIBD.Rdata")
# 加载完成后sce对象会直接出现在当前工作环境中

方案3：设置代理后下载 #

仅适用于设备有可用代理的场景，服务器无代理权限不要使用该方案

# 替换为你实际的代理地址和端口
Sys.setenv(http_proxy = "http://127.0.0.1:your_port")
Sys.setenv(https_proxy = "http://127.0.0.1:your_port")
# 重新运行下载命令
library(spatialLIBD)
sce <- fetch_data(type = 'sce')

内容的提问来源于stack exchange，提问作者alber