统计ORF中各密码子出现次数的count_codons函数如何修改

你现有代码存在4处需要调整的问题：

• 缺少全密码子初始化逻辑：预期输出包含所有64种标准密码子，原代码只会将切割得到的密码子加入字典，未出现的密码子不会出现在结果中，需要提前生成所有可能的密码子并将初始值设为0
• 新密码子赋值逻辑错误：第一次遍历到命中的密码子时，原代码赋值为0，正确应该赋值为1（当前已经命中1次）
• 语法兼容性问题：has_key()是Python 2的字典方法，Python 3已废弃该语法，应该用codon in dict_codons判断是否存在
• 缺少返回值：函数末尾没有返回结果字典，调用后无法得到输出

修正后的完整代码如下（假设你的split_codons函数可以正确将ORF序列按3个碱基为单位切割为密码子列表）：

# 先生成所有标准密码子列表用于初始化
def generate_all_codons():
    bases = ['A', 'T', 'C', 'G']
    all_codons = []
    for b1 in bases:
        for b2 in bases:
            for b3 in bases:
                all_codons.append(b1 + b2 + b3)
    return all_codons

def count_codons(seq):
    split = split_codons(seq)
    # 初始化所有密码子计数为0
    dict_codons = {codon:0 for codon in generate_all_codons()}
    # 遍历计数
    for codon in split:
        if codon in dict_codons:
            dict_codons[codon] += 1
    return dict_codons

# 测试调用
print(count_codons('ATGTCATCATGA'))

如果你的split_codons函数还未实现，可以用下面的代码补充：

def split_codons(orf_seq):
    # 按3个碱基为单位切割，自动忽略不足3位的尾部碱基
    return [orf_seq[i:i+3] for i in range(0, len(orf_seq), 3)]

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Lilly001