VSCode的Jupyter Notebook运行tabulizer的extract_tables报错问题

问题原因 #

这个报错是Java 9及以上版本引入的模块化系统（JPMS）权限限制导致的：rJava依赖的RJavaTools类默认没有权限访问java.util包下的内部类成员。代码在R控制台能正常运行、在VSCode Jupyter Notebook中报错，是因为两个环境的R启动时加载rJava的默认参数不一致，VSCode的IRkernel默认没有配置对应的Java访问权限参数。

解决方案 #

方案1：提前配置Java权限参数（优先尝试） #

在你的代码最开头添加Java参数配置，再加载相关包即可，完整可运行代码如下：

# 配置Java模块访问权限，必须在加载rJava/tabulizer之前运行
options(java.parameters = c("--add-opens", "java.base/java.util=ALL-UNNAMED"))

# 加载依赖包
library(tabulizer)

# 原有业务代码
f <- system.file("examples", "data.pdf", package = "tabulizer")
f1 <- extract_tables(f, output = "data.frame")
f1[[1]]

方案2：统一两个环境的R配置 #

如果方案1无效，说明你的VSCode R内核和系统R控制台的环境配置不一致，按以下步骤排查：

• 分别在VSCode Jupyter和R控制台运行Sys.getenv("JAVA_HOME")，对比返回结果，如果不一致，在用户目录下的.Renviron文件中添加全局JAVA_HOME配置，确保两个环境调用同一个Java环境。
• 卸载重装rJava和tabulizer包，避免包编译版本和Java版本不匹配：

  remove.packages(c("rJava", "tabulizer"))
  # 重启R后执行安装
  install.packages("rJava")
  install.packages("tabulizer")
  

方案3：降级Java版本 #

tabulizer对Java 8的兼容性最佳，Java 8没有模块化权限限制，切换到Java 8版本可直接解决该类兼容性问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Pablo Ballesteros