如何将含子目录的文件夹一次性添加到Git并解决嵌入仓库报错

是的，该警告的触发原因就是所有子目录内部都存在独立的Git仓库（即子目录下有隐藏的.git文件夹），Git识别到嵌套仓库后，默认不会将子目录的实际文件纳入父仓库的追踪范围，只会将其标记为未声明的子模块引用，因此抛出对应提示。

根据你是否需要保留子目录的Git提交历史，可选择对应处理方案：

方案1：无需保留子目录Git历史，将所有内容合并到父仓库提交（大多数场景适用） #

• 首先撤销已经添加到暂存区的错误记录，在父文件夹下执行：
  git rm --cached -r .
• 接下来删除所有子目录下的.git隐藏文件夹，避免嵌套仓库识别，注意不要误删父目录下刚初始化的.git文件夹：
  • Windows系统在父文件夹CMD中执行：
    for /d /r . %d in (.git) do @if exist "%d" rd /s /q "%d"
  • Mac/Linux系统在父文件夹终端执行：
    find . -mindepth 2 -name ".git" -type d -exec rm -rf {} +
• 重新执行文件添加操作：
  git add .
• 后续正常提交推送即可：

git commit -m "初始化仓库，提交所有目录内容"
git remote add origin 你的GitHub仓库地址
git push -u origin main

注：如果你的主分支名称为master，将最后一条命令的main替换为master即可

方案2：需要保留子目录各自的Git提交历史，后续单独维护子仓库 #

使用Git原生的子模块功能管理嵌套仓库即可：

• 为每个子目录执行子模块添加命令，替换为对应子目录自己的远程仓库地址：
  git submodule add <子目录对应的GitHub仓库地址> Child_folder_1
• 所有子模块添加完成后，父目录会生成.gitmodules配置文件，执行提交推送即可：

git add .gitmodules ./*
git commit -m "添加所有子模块配置"
git push -u origin main

注：后续其他人克隆该父仓库时，需要执行git clone --recursive 父仓库地址才能同时拉取所有子目录的内容

内容的提问来源于stack exchange，提问作者syaifulhusein