Unix rename命令使用正则表达式单步批量重命名fastq.gz文件

正确可用的单条命令 #

最简写法（无特殊命名冲突时可直接使用） #

rename 's/_S\d+|_001//g' *.gz

说明：

• 正则用|表示「或」逻辑，一次性匹配所有_S加数字和_001片段，搭配g全局修饰符全部替换为空，等效你的两条原命令
• \d是正则数字匹配[0-9]的简写，写法更简洁

严谨写法（避免误删其他位置的匹配片段，推荐测序文件场景使用） #

如果你担心目录下有其他文件名包含_Sxxx或者_001的片段被误改，可以用捕获组精准匹配测序文件的固定命名结构：

rename 's/^(.+)_S\d+_(R[12])_001(\.fastq\.gz)$/$1_$2$3/' *.gz

说明：

• 用捕获组锁定你需要保留的三段内容：前缀abc4800_12、读段标识R1/R2、文件后缀.fastq.gz，直接拼接保留的内容完成重命名，只会修改符合你给出的命名规则的文件，不会误改其他文件

原尝试写法失效原因 #

你测试的s/_S[0-9]+_*?_001//g匹配逻辑是_S+数字后直接跟若干下划线再连_001，但实际文件名中间还有_R1片段，无法匹配到目标区域，自然不能完成替换。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Nathan