如何将R包phytools的phenogram生成的系统发育图保存为外部图片

问题根源 #

• phytools::phenogram() 基于Base R绘图体系开发，调用时直接在当前激活的绘图设备上渲染图形，返回值仅为节点/末端的坐标矩阵，并非完整绘图对象。
• ggsave()、last_plot() 是ggplot2体系的专属功能，仅能识别ggplot类对象，无法捕获Base R绘制的图形，因此你之前用ggsave(last_plot())只能取到上一次生成的ggtree绘图。
• 你之前用png()保存失败的原因是逻辑顺序错误：先在默认的RStudio绘图设备生成了图形，再打开png设备去画返回的坐标矩阵，自然只能得到散点图。

标准解决方法（Base R原生逻辑） #

Base R保存绘图的逻辑是先开启目标存储设备，再运行绘图代码，最后关闭设备，图形会直接写入你开启的设备对应的文件中，代码示例：

# 1. 先开启png设备，提前设置好尺寸、分辨率参数
png(filename = "../output/APCT_phenogram_5Nov2021.png",  
    width = 25, height = 16, units = "cm", res = 300)

# 2. 直接运行phenogram绘图代码，图形会直接渲染到刚开启的png设备中
phenogram(tree_sub, bio01, colors = cols, fsize = 0.8, ftype = "i",
          xlab = "Relative Time", ylab = "Mean Annual Temperature (°C)",
          spread.labels = TRUE, spread.cost = c(1, 0))

# 3. 关闭设备完成保存，必须执行这一步否则文件会损坏
dev.off()

如果需要保存矢量图，把png()替换为pdf()即可，无需设置res参数。

可选方法（转ggplot对象后用ggsave保存） #

如果需要统一用ggsave管理所有绘图输出，可以借助ggplotify包把Base R绘图过程转为ggplot对象：

# 安装依赖包（首次使用执行）
# install.packages("ggplotify")
library(ggplotify)

# 将phenogram的绘图过程转为ggplot对象
p <- as.ggplot(~phenogram(tree_sub, bio01, colors = cols, fsize = 0.8, ftype = "i",
          xlab = "Relative Time", ylab = "Mean Annual Temperature (°C)",
          spread.labels = TRUE, spread.cost = c(1, 0)))

# 调用ggsave正常保存
ggsave("../output/APCT_phenogram_5Nov2021.png", plot = p, width = 25, height = 16, units = "cm", dpi = 300)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者nmarieh